Pełnomocnik Dyrektora ds. Systemu Zarządzania Jakością i Akredytacji - mgr Elżbieta Węgorek
W Szpitalu Morskim im. PCK w Gdyni funkcjonują dwa niezależne systemy:

Dnia 04 października 2006r. Szpital Morski uzyskał Certyfikat nr: NC-1500 i działa w oparciu o System Zarządzania Jakością zgodny z wymogami EN ISO 9001:2008.
Zakres certyfikacji:
Udzielanie świadczeń zdrowotnych służących utrzymaniu, przywracaniu i poprawie zdrowia. Profilaktyka zdrowia. 
Certyfikat ISO 22000:2005 - Świadczenie usług w zakresie produkcji i dystrybucji posiłków przyznany został Szpitalowi Morskiemu im. PCK w Gdyni w dniu 04 października 2006r.
Zakres certyfikacji:
Świadczenie usług w zakresie produkcji i dystrybucji posiłków.